Dopo che la setta Cabal ha ucciso la sua famiglia,Thomas va alla ricerca della setta per vendetta,ma scopre della scomparsa della setta senza immaginare che l'ultimo superstite e' stato ucciso da Lara Croft.A distanza di anni, quando a Parigi iniziano a verificarsi   delitti angoscianti simili a quelli dei Cabal, Thomas parte immediatamente per scoprire se la setta sia rinata e fare finalmente  giustizia ignaro che al posto della Cabal e' nata una setta simile chiamata Miliphen.

MISSIONE:aiutare Lara ad uccidere il Leone d'Oro e tutto cio' che e' legato ai Nephilim