Arruolata nelle forze dell'ordine israeliane, Ellen Ryder  viene a conoscenza della guerra terroristica che sta  colpendo il medio oriente e altre parti del mondo. Durante il lancio di un missile terroristico che dissemina il contagioso e mortale virus Fox Die,  Ellen deve far fronte alla  notizia della morte del padre che  al momento del lancio del missile verso la Cina , era stato colpito per poi morire a causa del missile che gli ha trasmesso il virus. Ellen parte per vendicare il padre  senza far affidamento nemmeno  sull'esercito  israeliano perche' decisa piu' che mai a uccidere il capo terrorista che sembra essere Solid Snake. Solo quando si imbattera' nel gruppo di Lara Croft capira' che il vero terrorista e' il gemello di Solid Snake, ovvero  Liquid Snake. Ellen si unisce cosi' al gruppo dell'archeologa per aiutarla nella missione.