Nel Nuovo Messico,

una esplosione nucleare e Los Alamos fa sparire un prezioso artefatto chiamato Scion che sembra contenere poteri misteriosi custoditi nel continente scomparso di Atlantide. Lara viene incaricata di  trovare l'artefatto da una donna di nome Natla e quindi  si dirige in Peru' in un'antica citta' di origini Inca dove trova il primo frammento dell'artefatto.Lara arriva alle porte della città perduta accompagnata dalla sua guida, ma appena i due aprono il portone vengono assaliti da un gruppo di  feroci lupi  che uccidono la  guida…Il portone alle  spalle di Lara si chiude dando inizio all' indimenticabile avventura di Lara esplorando caverne, la città di Vilcabama, la valle Perduta e la tomba di Qualopec. Qui un uomo di nome Larson che lavora per Natla, le rivela che e' stato inviato qualcuno alla ricerca degli altri due pezzi  di artefatto ,uno dei quali e' collocato a St.Francis. Lara si reca quindi in Grecia, e nella  tomba di Tihocan ritrova il secondo pezzo dell'artefatto. Tenendo in mano  i due pezzi e leggendo i geroglifici egizi dal muro della tomba, Lara ha una visione che le rivela il luogo del terzo pezzo dell'artefatto : tra le rovine dell' Egitto ! A bordo di una moto Lara raggiunge la citta' di Khamoon e nel santuario dello Scion Lara  trova l'ultimo pezzo dell'artefatto. Ma  di notte tre Individui le rubano le pistole e i pezzi dello Scion. Tentano di ucciderla inutilmente, poi  Lara con un abilissimo salto salta sulla moto e li insegue. I tre salpano con uno yatch e Lara li insegue a nuoto salendo furtivamente a bordo dell' imbarcazione. Si nasconde e  raggiunge l'isola di Atlantide dove nel frattempo risorge la piramide di Atlantide grazie alla riunione dei tre pezzi dell'artefatto attuata da colui che e' stato mandato a recuperare lo Scion. Lara si ritrova ad affrontare l'incarnazione del potere dello Scion che non e' altri che Natla trasformatasi in una pericolosa creatura, un affronto dal quale non puo' che uscirne vincitrice l'intrepida archeologa !